Comme le stipule l’article 502 du code rural, « les chambres d’agriculture sont auprès des Pouvoirs publics des organes consultatifs et professionnels des intérêts agricoles de leur circonscription. ». Les élus chambres forment une Assemblée plénière responsable d’émettre des avis sur la politique agricole départementale. Elle se confronte aux autres organisations agricoles publiques (ADASEA, DDAF, EDE). Dans le système français de cogestion syndicat majoritaire/État, le rôle de la chambre d’agriculture était plus que consultatif. Les avis avaient valeur de décision. Cependant, cette situation change avec la fin de la cogestion, sous le gouvernement Jospin. Le mode de scrutin permet une représentation de l’ensemble du monde agricole. Il est cependant contesté. Le mode de scrutin majoritaire limite la représentation des petites listes. Par ailleurs, les syndicats salariés reprochent le poids majoritaire des exploitants.
La deuxième mission des chambres est la mise en œuvre du développement agricole via des activités de conseil, de formation, de recherche et de contrôle. L’expertise technique occupe une place prépondérante dans le conseil aux agriculteurs. Elle a été le fer de lance de l'intensification des modes de production de l’agriculture.
Depuis 10 ans, les domaines d’intervention s’élargissent à l'environnement et au développement local, soulignant la réorientation des chambres d'agriculture pour s'adapter aux récentes politiques publiques. L’environnement est souvent abordé par le biais de l’agriculture raisonnée : maîtrise de la fertilisation et des phytosanitaires, gestion des déchets et mise en place des mesures agri-environnementales. Le Lot-et-Garonne a ainsi investi 25 millions de francs pour un projet « Agriculture durable du pays de Dropt » et a permis à 250 agriculteurs de bénéficier d’aides pour renouveler leur matériel d’épandage. La chambre d’Ile-et-Vilaine participe au Contrat eau/paysage/environnement établi entre des communautés de communes et le Conseil général. Sur le volet aménagement du territoire, la chambre d'agriculture d’Ile-et-Vilaine est précurseur avec la mise en place, depuis 1997, d’un service développement local. Trois personnes travaillent à temps plein sur l’ingénierie de projets et le développement des relations avec les collectivités locales. Néanmoins, les chambres revendiquent ne pas avoir attendu la directive développement local pour en faire. Dès 1994, la chambre d’agriculture de Charente-Maritime a réhabilité 25 marais salants de l’île de Ré.
La mise en œuvre des Contrats territoriaux d’exploitations (CTE) éclaire cependant les divergences de positionnement des chambres d’agriculture. 6 d'entre elles ont refusé de signer avec le préfet la convention pour la mise en œuvre des CTE. D’autres ont, au contraire, pris en charge la formation de leurs conseillers sur les thèmes de l’accompagnement de projet et du diagnostic de territoire.

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